数字盤の問題解決！
コメント欄にてid:tek_koc さんが助言下さったので、ひとまず問題解決！
（あと、id:yorutrainさんもTwitterから助言もらいました、ありがとう）
// そこに地雷があれば地雷マークを設定する
$c= "*";の部分で、爆弾がある位置をtrueから*に変更してしまっているため、正常にカウントできていませんでした。
なので、やや無理矢理ですが、爆弾があったら$cをインクリメントする、という部分の条件式を、
if($board[$x + $dx][$y + $dy] === true)
から
if($board[$x + $dx][$y + $dy] === true || $board[$x + $dx][$y + $dy] === "*")
に変更すればうまく動くかなと思います。
この指摘がまさにビンゴでした。ありがとうございましたー！
マスの下、右下、右、右上はちゃんと数えられるけど、上と左側がうまくいかないって時に気づくべきだった。
観察力と構造の分析力をもっと鍛えるしか…
動いてます。
さて次は面を開ける事にするぞ。（どう表現したらいいのあの動作）
また難しそうだ。
